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CryoSPARC 4.6 发布:2 倍 GPU 加速和增强 UI

2024.11.22 17分钟阅读

CryoSPARC v4.6 于9月10日发布,其中包含许多有很大影响的更新。完整列表详见更新日志:https://cryosparc.com/updates

   GPU 速度超过 2 倍

CryoSPARC 重新设计了其输入-输出代码架构,显著提高了对粒子读取时间的优化,在细化过程中速度提高了 2.1 倍,在分类作业中提高了 2.0 倍。

CryoSPARC 以 EMPIAR-10853 数据集为基准,该数据集使用 300 型盒子,粒径为 2.3M。EMPIAR 是一种蛋白质复合物,其特征是 MRGPRX2Gq 与肽皮质醇-14,皮质醇-14是一种与介导瘙痒、神经源性炎症、特应性皮炎、UC 等有关的蛋白质。

  • 工作站基准测试

  • AMD Threadripper PRO 5975WX(32核|4.5GHz升压)

  • NVIDIA GeForce RTX 4090(24GB GDDR6X)

     

  • 服务器基准测试

  • AMD EPYC 7F52(16核|3.9GHz升压)

  • NVIDIA Tesla PCI-e Tensor Core GPU(40GB HBM2)

 

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   用户界面更新

CryoSPARC 以其简单有序的工作流程而自豪。改进了作业的树、卡片和表格视图,大大提高了支持大型项目的速度。UI 的树视图加载速度提高了10倍,几乎实现了即时交互更新。

CryoSPARC 采用了新的作业组,允许将多个作业折叠到一张卡中,以便组织、保持易读性,并使大型项目的导航变得容易。作业组适用于所有视图,可以使用多选和右键菜单进行创建。

在传统的作业视图中,CryoSPARC 添加了一个作业搜索菜单,可以快速查找和导航到项目中的任何特定作业。

检查粒子拾取(Interactive Jobs | CryoSPARC Guide  https://guide.cryosparc.com/application-guide-v4.0+/interactive-jobs#auto-clustering)可以使用新的自动簇模式在无用户干预的情况下运行。粒子根据其 NCC 和功率分数进行聚类并自动选择。

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   结论

CryoSPARC 团队进一步的采用和优化,印证了 GPU 已经成为成像和重建冷冻电镜数据的主要工具。有关更新说明,请参阅 CryoSPARC 软件更新和补丁指南。

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