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GROMACS 基准测试 NVIDIA RTX 4090

2023.01.13 68分钟阅读

作为科学工作站和服务器的增值供应商,联泰集群定期提供各种 GPU 配置的参考基准,以指导分子动力学科学家采购为其研究优化的系统。在这篇博客中,我们使用 GROMACS MD 对 NVIDIA RTX 4090 的性能进行了基准测试,并评估了每天进行的模拟总纳秒数。

 

正在为药物发现等分子动力学研究寻找 HPC 工作站或服务器?

 

今天就和我们经验丰富的系统工程师一起配置你的 GROMACS 系统吧!

 

软件摘要

 

GROMACS 是一个强大的开源分子动力学软件包,主要设计用于模拟蛋白质、脂质和核酸,以及非生物系统,如聚合物。GROMACS 支持所有现代分子动力学实现所需的常规算法。GROMACS 可以使用标准的 MPI 通信协议在多节点环境中并行运行,并且从 GROMACS 4.6 开始,已经在 NVIDIA GPU 上实现了基于 CUDA 的 GPU 加速功能。

 

GROMACS 以极度的用户友好而闻名,其拓扑结构和参数文件以清晰的文本格式编写。在 GROMACS 中,有大量的一致性检查,当出现错误时,会发出明确的错误信息。

 

GPU摘要

 

新的 NVIDIA GeForce RTX 4090 基于 Ada Lovelace 架构,强调 Tensor Cores,用于矩阵乘法的 HPC 加速。4090 的 CUDA 核心增加了 56%,比上一代 3090 Ti 的时钟速度大幅提高了 46%,有效地使这款 GPU 成为你能买到的最快的消费级图形卡。让我们在一个用于分子动力学模拟的典型工作站平台上测试一下性能。

 

联泰集群工作站规格

 

处理器/计数

1 x AMD Ryzen Threadripper PRO 5995WX

图形处理单元

2 x NVIDIA GeForce RTX 4090

内存

256GB DDR4内存

硬盘

3.84TB NVMe驱动器

操作系统

Ubuntu 20.04

CUDA版本

11.8

GROMACS

2022.3版

 

NVIDIA RTX 4090 在 GROMACS 分子动力学中的基准测试

 

我们将在同一个模拟中进行多次测试。 - NS / 天 指的是一天内可以进行的模拟的纳秒数,数值越高,说明模拟内的时间越长,越好。 - GPU 后面的数值指定了系统中的 GPU ID,[0] 代表第一个 RTX 4090,[1] 代表第二个。 - 运行序列单 GPU 测试对 PME(粒子网格埃瓦尔德)处理更好,而运行序列多 GPU 测试使用 RF(反应场)处理表现更好。

 

 

ADH cubic PME (ns/day)

ADH cubic RF (ns/day)

ADH dodec PME (ns/day)

ADH dodec RF (ns/day)

Sequential 1x GPU [0]

139.340

216.182

157.327

233.607

Sequential 1x GPU [1]

138.375

213.862

158.307

241.748

Sequential 2x GPU [0, 1]

106.434

277.183

84.349

288.481

 

 

 

RNASE cubic PME (ns/day)

RNASE cubic RF (ns/day)

RNASE dodec PME (ns/day)

RNASE dodec RF (ns/day)

Sequential 1x GPU [0]

798.287

561.685

893.580

564.997

Sequential 1x GPU [1]

796.947

553.872

875.225

552.725

Sequential 2x GPU [0, 1]

361.711

662.908

379.113

643.891

 

 

利用 GPU 将 GROMAC S的模拟提高到新的水平

 

支持 CUDA 的 NVIDIA GPU 可以让你的 MD 模拟得到最大的发挥。通过利用NVIDIA GPU 的 CUDA 并行处理架构,GROMACS 的 CUDA GPU 加速现在是GROMACS 的一个核心部分,与其领域分解和负载平衡代码结合使用,与只使用 CPU 的处理方式相比,能带来巨大的性能提升。

 

联泰集群与 GROMACS 专家合作,设计了一系列 GROMACS 服务器和工作站,为广泛的研究应用提供最佳的价格和性能。这些解决方案不仅适用于GROMACS,而且适用于其他各种 MD 仿真软件套件,如 AMBER、NAMD、Schrodinger 等。

 

建立您自己的专业 GPU 工作站,并成倍地加快您的研究。

今天就联系联泰集群,我们亲自为您配置。

 

 

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