博客
独家解锁 Schrodinger CUDA 核优化——当薛定谔分子遇见超算 GPU
医学中心以推动医学科学发展、改善人类健康为目标，开展生物医学研究，致力于提升医学科学创新与成果转化能力，提高疾病诊断和治疗水平。本项目为薛定谔分子动力模拟方向提供一台 GPU 性能强大的服务器计算平台。
Schrodinger 是计算化学领域为生命科学和材料研究提供解决方案领先者，是世界一流的分子建模、药物设计和材料科学软件集合，由 AutoQSAR，Demond，FEP+、Maesrto 、MS Combi、MS Jaguar、Bioluminate、KNIME Extensions、Canvas、Glide、WaterMap 等软件组合而成。其中：
药物发现：包含从头设计、虚拟筛选、等级顺序化合物、结构细化和准备、可视化和工作流程、生物制剂建模等。
材料科学：原子级仿真可以帮助您在开始合成和测试之前确定最有前途的结构和成分，从而可以加快新材料的开发。从有机电子产品到特种化学品再到聚合物制造。
Schrodinger 软件系统与硬件配置要求：
（1）高性能分子动力模拟超算 GPU 卡要求
-
A1 服务器级可选：80GB、 48GB 显存加速器
-
A2 工作站级可选：20GB/24GB/48GB 显存加速器
GPU 卡技术参数：
（2）高性能分子动力模拟硬件要求
（3）高性能分子动力模拟系统要求
支持的操作系统 Windows、Linux
Windows 11 版本 22H2 版本 21H2
Windows 10 版本 22H2 版本 21H2
所有依赖于 Desmond 的工作流在 Windows 或 Mac 平台上都不受支持，它们只能在 Linux 上运行。这包括分子动力学、IFD-MD、FEP+、WaterMap 和许多材料科学工作流程。
GPU 上的 Active Learning Glide 和 DeepAutoQSAR 等 GPU 机器学习应用程序只能在 Linux 上运行
结合用户痛点和对需求的分析，本次方案配置一台 GPU 计算服务器和一台数据处理服务器。
-
GPU 计算服务器：
CPU Intel® Xeon® Gold 6430 Processor，32C64T，2.10 GHz，Up 3.40 GHz，60 MB Cache，3UPI 16 GT/s，270 W*2
内存：32GB 4800MHz DDR5 ECC Registerred DIMM*8
硬盘：企业级 SSD 960GB SATA 2.5*2
GPU：Ada Lovelace 架构 R4 系列*4
-
数据处理服务器：
CPU：Intel® Xeon® Gold 6326 Processor,16C32T,24 MB Cache,2.90 GHz,3.50 GHz,185 W *2
内存：32GB 3200MHz DDR4 ECC Registerred DIMM*8
硬盘：企业级 SSD 1.92TB SATA 2.5*2
相关贴子
-
HPC重塑高性能计算新标准--联泰集群 GA4228 G3
2024.07.26 20分钟阅读 -
HPC探索极致性能新体验——WA7232 G3 双路 AMD 第四代霄龙工作站
2024.08.16 11分钟阅读 -
HPCG2232 G3 | 2U双路机架服务器 采用第四代Intel Xeon可扩展处理器
2023.01.13 12分钟阅读
